马来西亚公司注册在吉隆坡和纳闽的主要区别体现在以下几个方面：

一、公司类型与运营方式

吉隆坡公司：

通常是本土实体公司，投资者可以在吉隆坡或马来西亚其他城市实际租用办公室进行经营。

可以与马来西亚本地的客商进行业务往来。

纳闽公司：

属于离岸公司，注册地址在马来西亚纳闽地区。

投资者注册后不能到纳闽租用办公室实际办公，且不能与马来西亚本土客商直接进行业务往来。

二、注册名称与资本

吉隆坡公司：

注册名称只能是英文或马来文，不能添加中文。

注册资本没有特殊要求，通常为1马币（但需符合马来西亚公司法规定的低资本要求）。

纳闽公司：

注册名称可以中英文名称同时申请。

注册资本标准通常为5万马币（或等值外币）。

三、董事与股东要求

吉隆坡公司：

需要有一位当地人或是持有马来西亚六个月以上签证的外国人士担任公司的董事。

股东可以是个人或公司，无国籍限制。

纳闽公司：

注册董事没有国籍要求。

股东可以是个人或公司，同样无国籍限制，且允许外资独资拥有。

四、税务与优惠政策

吉隆坡公司：

需要根据公司实际运营情况做账报税。

可以享受马来西亚政府提供的某些税务优惠政策，但具体优惠程度取决于行业、地区和投资规模等因素。

纳闽公司：

作为离岸公司，通常无需缴纳马来西亚的税务（但需遵守相关税法规定）。

纳闽作为马来西亚的离岸金融中心，享有多种税收优惠，如较低的公司所得税率、支付给非居民纳税人的款项豁免缴付预扣税等。

五、其他因素

地理位置与基础设施：

吉隆坡是马来西亚的首都和大城市，位于马来半岛中部，交通便利，基础设施完善。

纳闽是马来西亚的一个联邦直辖区，位于马来西亚东部的南中国海上，地理位置相对偏远，但拥有完善的基础设施和金融服务。

政策环境：

吉隆坡作为马来西亚的政治、经济和文化中心，政策环境稳定，商业氛围浓厚。

纳闽作为离岸金融中心，政策环境同样稳定，且拥有更加灵活的法律和税收优惠政策。

马来西亚公司注册在吉隆坡和纳闽各有优劣。投资者在选择注册地点时，应根据自身业务需求、经营策略以及长期发展规划等因素进行综合考虑。